Pengajar Ma’had Al ‘Ilmi Yogyakarta adalah beberapa ustadz yang berasal dari beberapa pondok pesantren di Yogyakarta dan lainnya. Diantaranya adalah :
• Ust. Abu ‘Isa ‘Abdullah bin Salam
• Ust. Zaid Susanto, Lc
• Ust. Aris Munandar, S.S
• Ust. Mu’tashim
• Ust. Ikrimah
• Ust. Abu Sa’ad, M.A.
• Ust. Afifi ‘Abdul Wadud, BA
• Ust. Marwan
• Ust. Muhammad Abduh Tuasikal, M.Sc
• Ust. Abu Salman, BA
• Ust. Abu ‘Umair, S.Pd
• Ust. Ammi Nur Baits, S.T.